Zoals in zoveel plaatsen in het land is de huidige Protestantse Gemeente Diemen voortgekomen uit het samengaan van de Hervormde Gemeente en de Gereformeerde Kerk, beide in Diemen. In het jaar 2006 kreeg De Protestantse Gemeente Diemen vanaf 1 januari van dat jaar een officiële status.

De aanbesteding voor de bouw van een nieuwe kerk voor de plaatselijke gemeente van de
Gereformeerde Kerk van Diemen vond plaats midden jaren dertig van de vorige eeuw. Tot dan toe werd gebruik gemaakt van een klein kerkgebouw in de Weesperstraat in Diemen

Het huidige orgel in De Ontmoeting kreeg in 1958/1959 een plaats boven de preekstoel. Het is een tweeklaviers instrument met vrij pedaal, 31 registers, met gebruikelijke koppelingen en tremulanten volgens pneumatische tractuur, gebouwd door de orgelbouwer Fonteyn & Gaal uit Amsterdam